DNA/RNA合成儀(以DNA為例)的使用方法涵蓋試劑準(zhǔn)備、序列輸入、參數(shù)設(shè)置、合成柱檢查、管路清洗、合成過程監(jiān)控及產(chǎn)物處理等多個(gè)環(huán)節(jié)，以下是詳細(xì)介紹：
 

　　試劑準(zhǔn)備：
 

　　仔細(xì)檢查合成儀上所有試劑瓶中的試劑量，必要時(shí)換掉試劑瓶，特別注意乙腈等用量較大的溶劑。
 

　　確保試劑瓶組和堿基瓶組密封良好，保持一定壓力，防止外界空氣進(jìn)入影響合成效果。
 

　　序列輸入：
 

　　將要合成的DNA序列輸入合成儀，可通過計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)軟件完成，考慮密碼子偏好性、二級(jí)結(jié)構(gòu)和限制酶位點(diǎn)等因素。
 

　　檢查選擇的合成步驟是否正確，確保合成過程按照預(yù)設(shè)的流程進(jìn)行。
 

　　參數(shù)設(shè)置：
 

　　選擇結(jié)束方法，儀器的原始狀態(tài)通常為TritylOffAuto，若打算以5'-DMT基團(tuán)連接純化寡核苷酸，則將其轉(zhuǎn)變?yōu)門ritylOnAuto結(jié)束狀態(tài)。
 

　　在每個(gè)柱監(jiān)視器的Username下，輸入所希望的保存名字，方便后續(xù)管理和追蹤。
 

　　以代碼代替相應(yīng)的DNA序列標(biāo)記每一個(gè)收集瓶，便于識(shí)別和分類。
 

　　合成柱檢查：
 

　　運(yùn)行StartColumn步驟檢查每一個(gè)柱的位置，確保合成儀上合成柱處于正確的位置，避免因位置偏差導(dǎo)致合成失敗。
 

　　檢查連接在合成儀上的溶劑殘留(廢液瓶)是否充滿，防止因廢液瓶過滿導(dǎo)致液體溢出，影響合成環(huán)境。
 

　　管路清洗：
 

　　如果分部收集器用來收集每個(gè)DMT脫保護(hù)步驟的流出物，確保試管充分清潔干凈，并打開分部收集器，確保DMT廢液管路通向分部收集器。
 

　　啟動(dòng)循環(huán)，運(yùn)行開始程序清洗試劑管路，除去原來的試劑，防止舊試劑對新合成反應(yīng)產(chǎn)生干擾。
 

　　合成過程監(jiān)控：
 

　　合成過程中，可通過電導(dǎo)流動(dòng)池測定每個(gè)DNA合成循環(huán)內(nèi)釋放的DMT陽離子的總電導(dǎo)，監(jiān)控合成反應(yīng)的進(jìn)行情況。
 

　　定期檢查合成儀的運(yùn)行狀態(tài)，確保各項(xiàng)參數(shù)(如溫度、壓力、時(shí)間等)在正常范圍內(nèi)。
 

　　DNA/RNA合成儀合成完成與產(chǎn)物處理：

 

　　合成完成后，取出載體進(jìn)行切割并且脫保護(hù)，一般40bp以內(nèi)的DNA片段至少需要2小時(shí)，鏈越長需要時(shí)間越長。
 

　　采用適當(dāng)?shù)募兓绞?如OPC純化、PAGE純化、脫鹽純化、HPLC純化等)去除短片段和鹽離子，提高產(chǎn)物純度。
 

　　對純化后的DNA進(jìn)行測序驗(yàn)證，確保其序列與預(yù)期相符。